Die Kirche, also das Kirchengebäude, steht auf einem erhöhten Platz im Dorf. Dieser recht grosse Kirchhof war mit Sicherheit der Standort des Königshofes (curtis). Zu dem Königshof hat mit eben der gleichen Sicherheit ein Schafshof exixtiert und zwar wegen der Geruchsbelästigung unter dem Wind, also ostlich. „Schafs auf dem Berge“ heisst der Hof noch heute und als der Amtshof 1353 geteilt wurde gab es den BouwenHof und den NerenHof. (Oberer Hof und Unterer Hof)
Die Kirche war sicher eine Gründung des Klosters Abdinghof und wurde in den ersten Jahrzehnten nach 1018, also nach der Übertragung des Haupthofes in Nedere an das Kloster, erbaut. Daher hat Großeneder die gleichen Kirchenpatrone wie der Abdinghof, nämlich Petrus und Paulus. Sie hat auf dem Kirchhof gestanden und war mit Sicherheit in Fachwerkbauweise errichtet, wie man es heute noch an dem Giebel des alten Südflügels an der Eissener Kirche sehen kann. Vielleicht wurde auch zunächst das Gebäude des Haupthofes (Buwen Hof) als Kirche genutzt. In der Archidiakonatsliste von 1231 wird Großeneder als Pfarre im Archidiakonat Eissen bezeichnet.
Im Mittelalter gab es nicht die öffentliche Sicherheit, die wir heute als selbstverständlich im täglichen Leben voraussetzen. Es gab keine allgemein zuständige Polizei und jeder musste sich selbst um Schutz und Beistand bemühen. Die Bevölkerung schloss sich daher einer Gemeinschaft in einer befestigten Stadt, in einem Haupthof oder in einer Klostergemeinschaft wie die Klosterhörigen und „Wachszinsigen“ an. Viele, die frei waren oder sich frei gekauft hatten, begaben sich freiwillig in den Schutz einer Kirche als „Wachszinsige“.
Um sich nun eine gewisse Sicherheit zu verschaffen, baute man zunächst einen festen Turm mit sehr dicken Mauern und einem schweren Gewölbe, das nur über eine schmale Treppe in der Mauer selber zu erreichen war. Das ist der Turm, der heute noch steht. Mit den damaligen Mitteln konnte er weder durch Gewaltanwendung, noch durch Feuer zerstört werden. Die Bauweise des Turmes deutet etwa auf die Zeit um 1280 hin. Wohl gleichzeitig wurde der ganze Kirchhof mit einer festen, hohen Mauer umgeben und im Inneren der Ringmauer wurden Laufgänge für die Verteidigung errichtet. Teile der Mauern stehen heute noch im Norden und Westen und auch die Pfostelöcher für den Laufgang konnten noch nachgewiesen werden. Wenn nun Gefahr drohte, zog man sich auf den Kirchhof zurück. Das Vieh trieb man auf den Kirchhof, die Menschen übernachteten in der Kirche. Das Konzil zu Konstanz (1414-1418) sagte: „In die Kirche darf nur Vieh eingetrieben werden, wenn Gefahr besteht, dass die Tiere zu Grunde gehen.“ Fremde dürften nur dann in der Kirche übernachten, wenn sonst kein Obdach zu finden war.
Aber die Benutzung von Kirche und Kirchhof ging noch weiter. Da man sich im Ernstfälle auf den Kirchhof zurückziehen und die Wohnungen und Stallungen den feindlichen Truppen und Räuberbanden überlassen musste, wurde es erforderlich, auch die wichtigsten und notwendigsten Vorräte in Sicherheit zu bringen. Deshalb wurden in der Kirche an den Aussenwänden Getreidekästen mit ein bis drei Malter Fassungsvermögen, je nach Grösse des Hofes, aufgestellt, wo jede Familie einen kleinen eisernen Vorrat an Getreide und sonstigen wichtigen Bedarfsgegenständen aufbewahren konnte. Die Vorschriften besagten, dass die Kästen so aufzustellen waren, dass der Pastor beim Umgang in der Sonntagsmesse nicht gehindert wurde. Ausserdem war es gestattet, innerhalb der Kirchhofsmauern Getreidespeicher zu erstellen, um im Ernstfälle den Plünderern grössere Vorräte nicht zu überlassen.
Im Jahre 1584 kauft Abdinghof einen Speicher auf dem Kirchhof in Großeneder, den bisher Johannes Titen und Else Wichardt, jetzt Frau Jobst Schröder, inne hatten. Anno 1590 erwirbt der Abdinghof einige Böden eines zweiten Speichers, den bisher Cordt Scharpen und Veit Götten allein besassen. Vier Jahre später kaufte der Abdinghof von Jakob Wigardt den kleinen Speicher und lauschte ihn gegen die beiden noch fehlenden Bühnen um, so dass der Abdinghof jetzt über zwei grosse Speicher in Großeneder verfügte und eine grössere Vorratshaltung betreiben konnte. Für die Kästen in der Kirche und die Speicher auf dem Friedhof mussten jährlich Gebühren bezahlt werden. Das waren einige Denare oder Schillinge. Dem Pastor und dem Küster stand es frei, ohne Gebühren in der Kirche einen Kasten aufzustellen oder den Boden über dem Kirchenraum als Lagerplatz für Getreide zu benutzen. Die vereinnahmten Gelder wurden zum Unterhalt der Kirche verwandt, so dass der Bischof von dieser Verpflichtung befreit war.
Zu der Zeit Karls des Großen gehörte Großeneder kirchlich zum Archidiakonat Löwen. Die erste Kirche in Löwen ist wohl kurz nach 800 von der Würzburger Mission gegründet worden und hat daher den heiligen Klian als Pfarrpatron erhalten. Sie war die Pfarrkirche für die westliche Hälfte der Warburger Börde. Dabei ist zu bedenken, dass dieses Gebiet in jener Zeit sehr dünn besiedelt war. Großeneder gehörte über 200 Jahre zur Archidiakonatspfarre Löwen. Später übernahm die Pfarrei Eissen diese Archidiakonatsrechte von Löwen, und Großeneder gehörte im 13. Jahrhundert zur näherliegenden Pfarrei Eissen. Diese Sachlage änderte sich, als der König, der ursprünglich der grösste Grundbesitzer in Großeneder war, diese Höfe, die zuerst der Bischof von Paderborn zu Lehen erhielt, auf Wunsch des Bischofs an verschiedene Klöster als Lehen weitergab.
Die erste Kirche in Großeneder war wie oben beschrieben höchstwahrscheinlich ein einfaches Gebäude in Holz und Fachwerk gewesen. Wahrscheinlich stand es an der gleichen Stelle wie heute und war der ausgekernte Königshof. Jedoch bereits um 1200 hat man ein festes Gotteshaus auf Betreiben des Abtes von Abdinghof errichtet, (wie der untere Teil des Turmes aufzeigt). Die Pfarrkirche war in früh gotischem Stil gehalten und mehrschiffig, denn aus einem Attest des Pfarrers Siebers aus dem Jahre 1751 geht hervor, dass „in der alten Kirche Pfeiler gewesen sind“. Das Dach war allerdings ein einfacher Saalbau mit flacher Holzdecke, denn der Bodenraum diente als Speicher. Die Kirche war nach allgemeinem kirchenlichen Brauch geostet, d.h. der Altar steht im östlichen Teil der Kirche.
Kirche und Kirchhof haben in dieser Form bis nach 1600 bestanden. Zu Anfang des Dreissigjährigen Krieges ist die Kirche abgebrannt, wobei der Kirchturm mit seinen dicken Mauern stehen blieb. Wie ein Stein in der Westmauer der Kirche neben dem Turm zeigt, wurde Anno 1634 mit dem Neubau begonnen; die Bauzeit betrug über 50 Jahre. Diese Kirche wurde dann im Jahre 1776 abermals durch Feuer zerstört. Mit dem Neuaufbau begann man 1777, wie ein Stein in der Nordmauer der Kirche sowie die am Taufstein eingemeisselte Jahreszahl dokumentiert.
Das Kloster Abdinghof hatte das Recht der Stellenbesetzung des Ortsgeistlichen bzw. später das Vorschlagsrecht für einen neuen Pfarrer, der vom Bischof in dieses Amt eingeführt wurde. Dieses hatte zur Folge, dass das Dorf Großeneder in der Reformationszeit (1517-1600) treu dem katholischen Glauben verbunden blieb und fast keinen Übertritt zum Luthertum zu verzeichnen hatte, im Gegensatz zu vielen Nachbardörfer. (siehe auch Abt Jodokus Rose)
Von 1814-1816 wurde die Kirche in ihrer jetzigen Gestalt, fast wie ein Neubau, umgebaut. Das Steinmaterial wurde von der abgebrochenen Klosterkirche in Hardehausen geholt. Im Zuge der Säkularisation wurden die rechtsrheinischen Klöster zu weltlichen Wirtschaftsbetrieben umgewandelt. Die Kirchen wurden abgerissen und die Einrichtungen darin in anderen Kirchen untergebracht.
Der Bau geschah unter der Leitung des Bezirksbaumeisters Eberhard, jedoch nicht ohne viel Opposition der Bewohner. Der Turm wurde erhöht und erhielt das 8seitige Pyramidendach. Im Schiff ist eine flache Holzdecke, durch mächtige Kehlen mit den Seitenwänden verankert. (Spiegelgewölbe) Die 6 Fenster sind oben durch flache Stichbogen mit einfachem Schlussstein abgeschlossen. Die Eingänge sind an der Nord und Südwand angebracht. Über dem letzten Schlussstein sind die Zeichen J.H.S. (Jesus, Heiland, Seligmacher) darunter S.P. Herz mit 3 Nägeln zu sehen. Seitlich befindet sich der Satz in Steinschrift „Deinem Hause gebühret Heiligkeit, o Herr, auf der Länge der Tage“. Psalm 92 Anno 1816.
Der Wehrturm, der mit der Südwand des Kirchenschiffes fluchtet, ist noch mittelalterlich. An der äusseren Nordseite der Kirche befindet sich ein eingemauerter Stein mit der Jahreszahl 1634 und ein weiterer mit der Jahreszahl 1777.
Der Pfarrer Lange wurde im November 1814 nach Borgholz versetzt, Pfarrer Xaverius Thöne aus Lichtenau trat an seine Stelle. Auf diesen wartete auch sogleich eine undankbare, aber unaufschiebbare Aufgabe.
Nachdem die Kirche 1777 von Grund auf umgebaut worden war, war sie bereits nach 38 Jahren infolge der mangelhaften Fundamentierung dem Einsturz nahe. Pastor Thöne, der den Kirchenbau durchzuführen hatte, musste gegen den erbitterten Widerstand der Bevölkerung ankämpfen. Das ging so weit, dass im Juli Teile der in Warburg einquartierten Kavallerie unter dem Kommando eines Offiziers in Großeneder untergebracht wurden, um den Willen der Widerspenstigen zu brechen. Erst im Mai 1816 konnte gemeldet werden, dass der Widerstand zerschlagen sei, allerdings hatte sich der Kostenvoranschlag für den Neubau inzwischen mehr als verdoppelt. Man muss jedoch auch das Verhalten der Bewohner von Großeneder verstehen. Das Volk war durch die Napoleonischen Kriege erschöpft und verarmt. Man erzählte, die Gemeinderäte von Großeneder seien nach Deppenhöfen gegangen und haben sich von den dortigen Grundherren 1.000 Taler geliehen. Dieser habe von der Summe gleich den Zehnten abgezogen. Beim Kreuz am Deppenhöfener Weg und der Peckelsheimer Provinzialstrasse hätten sich die niedergeschlagenen Honorationen abermals beraten und nach langem Hin und Her brachten sie das Geld nach Deppenhöfen zurück. Daraufhin habe der jüdische Kaufmann Löwenberg aus Hohenwepel der Gemeinde 1.000 Taler geliehen, ohne Zinsen für das erste Jahr. Der Kirchbau kostete insgesamt etwa 3.000 Taler, für die damalige Zeit eine gewaltige Summe. Die Steine für den Neubau wurden von der säkularisierten Klosterkirche in Hardehausen und die Tannenhölzer von der Weser herangefahren, die Steine der baufälligen Großenederer Pfarrkirche waren vollkommen unbrauchbar. Während der Bauzeit fand der Gottesdienst im Pfarrhaus statt. Im Jahre 1816 wurde der Kirchbau am stärksten betrieben. Es war ein heisser, verregneter Sommer, kaum 3 Tage hintereinander, an denen es nicht regnete. Menschen und Zugvieh hatten beim Anfahren der Baumaterialien viel unter der Witterung zu leiden. Der alte Wehrturm wurde ebenfalls erhöht und erhielt eine achtseitige Dachpyramide. Der Schlussstein über den südlichen Haupteingang erinnert die Nachwelt an das Baujahr. Im folgenden Jahr, als das Gemeinderatsmitglied Bernhard Müller starb, erbte die Kirche von diesem 200 Taler, Pastorat und Schule 80 Taler. Es war allerdings ausbedungen, dass jährlich 4 Messen für die Schule zu lesen waren. In diesem Jahr nach der Fertigstellung der Kirche hatte unsere Gemeinde die bisher höchste Einwohnerzahl erreicht.
Die Kirchenchronik vermerkte, dass in Großeneder im Jahre 1818 1.110 Einwohner lebten, die bis auf 25 Juden alle dem römischkatholischen Glauben angehörten. Die Kraft des Pfarrers Thöne war durch die Widrigkeiten des Kirchenbaus derart angegriffen, dass dieser entnervt um seine Versetzung bat. Er übernahm eine Pfarrei in Gronau, der Pastor Wilhelm von Chiarl trat die Nachfolge an. Dieser junge Geistliche blieb unserer Gemeinde 14 Jahre lang erhalten. Am 31. August 1832 starb er im Alter von nur 50 Jahren. Ihm folgte der Pastor Ferdinand Happe.
Das Jahr 1845 brachte für die Kirche eine weltliche Neuerung. Die Kosten für die Kirchen wurden zum Teil von den politischen Gemeinden übernommen (Observanz). In diese Zeit fiel ebenfalls der Tod des Dr. Hartmann aus Warburg, der in seinem Testament einige Gemeinden des Kreises Warburg, so auch Großeneder, bedachte. Aus einem Fonds, welcher aus seinem Nachlass gebildet wurde, waren jährlich 50 Taler vom Ortspfarrer an die Armen der Gemeinde zu verteilen. Da diese Regelung jedoch nicht in unserer Gemeinde ausreichte, wurde später von der Gemeinde zusätzlich sichergestellt, dass die Armen von den begüterten Dorfbewohnern Nahrungsmittel erhielten. Die Geschichte der Pfarrkirche Großeneder verlief in den folgenden Jahren relativ ruhig, wenn man von dem Tode des langjährigen und sehr beliebten Pfarrers Ferdinand Happe kurz vor Weihnachten 1869 absieht. Der Nachfolger, Pastor Johannes Baptist Simon, konnte sein Seelsorgeramt in Großeneder nur 3 Jahre ausüben, dann starb auch er. Da wegen des Kulturkampfes die Stelle nicht wieder besetzt wurde, hielten der Pastor Anton Happe aus Lütgeneder und dessen Kaplan Thomas an Sonn und Feiertagen Gottesdienst in Großeneder bis zum Tode des Pastors Happe im Jahre 1880. Vom Jahre 1879 an kam jedoch von Willebadessen der Pater Ludgerus Barkhofen O.v.S.F., um die Lütgenederer Geistlichen zu unterstützen. Bereits 1881 nahm Pater Ludgerus in Großeneder seinen festen Wohnsitz. So war er ständig im Ort präsent und konnte die Amtsgeschäfte eines Ortsgeistlichen völlig übernehmen. Pater Ludgerus blieb in unserer Gemeinde bis zum Eintreffen des neuen Pfarrers Franz Pieper im November 1884. Nach knapp 10 Jahren seelsorgerischen Wirkens kam auf den Pfarrer Pieper die erste Kirchenrenovierung zu. Der Innenraum musste neu angemalt werden. Die Kosten der Instandsetzung, die vom Kirchenmaler Hoffmann aus Werl durchgeführt wurden, kamen durch Spenden der Bevölkerung zusammen. Am 12. August 1895 feierte Pastor Pieper sein silbernes Priesterjubiläum. Die Gemeinde Großeneder schenkte ihm zu diesem Ehrentage 5.000,00 Mark zur Beschaffung einer neuen Orgel mit 16 Registern. Der Orgelbauer Stegerhoff aus Paderborn lieferte diese Orgel nach der Fertigstellung im Jahre 1898. Auch wurde der Altar vervollständigt. Man kaufte die Figuren der Schutzpatrone St. Petrus (1895) und St. Paulus (1894). Ebenfalls wurde die Küsterstelle von der Lehrerstelle getrennt; Küster wurde Heinrich Hördemann. Im Frühjahr des Jahres 1902 wurde unter der Leitung des Baumeisters Mündelein, Paderborn, vom Bauunternehmer Schmitz aus Daseburg an der Ostseite der Kirche eine Sakristei erbaut. Die Fertigstellung erfolgte im Januar 1903. Die Kosten, rund 4.000,00 Mark, wurden während der folgenden 10 Jahre zum grössten Teil durch Spenden erbracht, der Gemeindezuschuss belief sich auf 1.200,00 Mark. Die Sakristei ist unterkellert. Damals wollte der Pastor Pieper im Falle seines Todes unter der Sakristei seine letzte Ruhestätte finden. Weiterhin sollte es möglich sein, dass auch die nachfolgenden Ortsgeistlichen dort beigesetzt werden konnten. Hierzu ist es jedoch nie gekommen, da Pastor Pieper 1904 Großeneder verliess und der Nachfolger Pastor Friedrich Helle andere Pläne hatte. So dient dieser Raum in der heutigen Zeit als Heizungskeller.
Nach dem Weggang des Pastors Pieper, der die Pfarrstelle in Daseburg übernahm, blieb unsere Gemeinde 11 Wochen ohne Seelsorger. Als Pfarrverweser war bei uns an den Sonntagen ein Franziskanerpater aus Paderborn tätig. Am 19. Okt. 1904 feierte die Gemeinde den Einzug des neuen Pfarrers Friedrich Helle. Die Gemeinde hatte sich hierzu am Ortseingang versammelt. An der Spitze standen 72 Engelchen. Nach der Begrüssung wurden Gedichte von den Schulkindern aufgesagt und Lieder gesungen. Die Prozession bewegte sich nun durch die festlich mit Bogen und Girlanden geschmückten Strassen zur Kirche, wo Pastor Helle für die freundliche Aufnahme in unserer Gemeinde dankte und alle Bewohner des Ortes segnete. Nach einer kurzen Eingewöhnungszeit begann der neue Seelsorger mit den dringend erforderlichen Erneuerungsarbeiten an der Kirche. Die Holzbedielung wurde erneuert, ebenso die beiden Windfänge am Nord und Südeingang. Die das Chor verdunkelnden, erst vor 20 Jahren angeschafften Fenster wurden durch hellfarbige ersetzt. Desweiteren wurde die Innenausmalung erneuert. Die kleine Josefstatue wurde durch eine grosse ersetzt. Der Altar wurde von seinem Platz weiter nach hinten zur Wand gerückt, damit das Licht voller auf ihn fallen konnte und das Chor insgesamt etwas freier war. Der alte Standort des Altares war gerade zwischen den beiden Chorfenstern; diese Fenster mussten auch die sich hinter dem Altar befindliche Sakristei mit beleuchten. Die Sakristei war durch Verschläge vom Kirchenraum getrennt. Durch den Bau der neuen Sakristei wurden die dann nutzlosen Verschläge entfernt. Vermutlich war bei dem Neubau von 1816, als der Barockaltar aufgestellt wurde, der Unterbau stehen geblieben. Der neue Unterbau aus Stein wurde von dem Steinmetz Brilon aus Borgentreich angefertigt. Zwischen Unterbau und dem alten Altaraufsatz plazierte man eine etwa 70 cm hohe Unterlage. Hierdurch wurde der Altar höher und der Tabernakel konnte das Mittelbild des Altares nicht mehr verdecken. Die Firma Cassau, Paderborn, lieferte einen neuen Speisekelch für 300 Mark, da das alte Ziborium verkauft werden sollte.
Sechs Stifter aus der Gemeinde trugen jeder 50 Mark zum Kauf bei, ihre Patrone sind auf dem Fuss des Kelches eingraviert. Der Bildhauer Sauerland schnitzte eine Umkleidung für den stahlgepanzerten Tabernakel, ebenso die Seitenengel und die Traubenährengehänge seitwärts. Die Exposionsnische reichte nun über den Kopf des Priesters hinaus, während früher der in der Mitte stehende Pastor die Monstranz verdeckte. Auch erhielten die Kanzelengel Flügel. Oben am Altar wurde ein Auge Gottes mit Strahlen angebracht. Schliesslich wurde der Altar bemalt und vergoldet, der alte Tisch des Hochaltares als rechter Seitenaltar benutzt. Der Rosenkranzaltar, früher parallel zur Kommunionbank stehend, wurde an die linke Wand gerückt. Die Gesamtkosten dieser Renovierung beliefen sich auf etwa 8.000 Mark.